海關(guān)對商標(biāo)專用權(quán)的主要保護措施如下：

（1）商標(biāo)專用權(quán)人可以將其商標(biāo)向海關(guān)總署申請備案，知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)備案的有效期為10年。備案不是強制性的，是否備案由權(quán)利人自行決定。備案與否也不影響海關(guān)扣留侵權(quán)嫌疑貨物，權(quán)利人請求扣留侵權(quán)嫌疑貨物的，只需要向嫌疑貨物進(jìn)出境的海關(guān)提出申請，可以不必事先辦理知識產(chǎn)權(quán)保護備案。

（2）權(quán)利人在發(fā)現(xiàn)侵權(quán)貨物可能進(jìn)出口的線索時，需要向進(jìn)出口地海關(guān)提出采取知識產(chǎn)權(quán)保護措施的申請。申請人請求海關(guān)扣留侵權(quán)嫌疑貨物的，應(yīng)當(dāng)提交申請書及相關(guān)證明文件，并提供足以證明侵權(quán)事實明顯存在的證據(jù)。同時還應(yīng)當(dāng)向海關(guān)提供不超過貨物等值的擔(dān)保，用于賠償可能因申請不當(dāng)給收貨人、發(fā)貨人造成的損失，以及支付貨物由海關(guān)扣留后的倉儲、保管和處置等費用。權(quán)利人申請扣留侵權(quán)嫌疑貨物，符合規(guī)定，并提供擔(dān)保的，海關(guān)應(yīng)當(dāng)扣留侵權(quán)嫌疑貨物，書面通知知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人，并將海關(guān)扣留憑單送達(dá)收貨人或者發(fā)貨人。知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人申請扣留侵權(quán)嫌疑貨物，不符合規(guī)定，或者未提供擔(dān)保的，海關(guān)應(yīng)當(dāng)駁回申請，并書面通知權(quán)利人。海關(guān)根據(jù)權(quán)利人的申請扣留侵權(quán)嫌疑貨物，自扣留之日起20個工作日內(nèi)未收到人民法院協(xié)助執(zhí)行通知的；應(yīng)當(dāng)放行被扣留的貨物。

（3）海關(guān)發(fā)現(xiàn)進(jìn)出口貨物有侵犯備案知識產(chǎn)權(quán)嫌疑的，應(yīng)當(dāng)立即書面通知權(quán)利人。權(quán)利人自通知送達(dá)之日起3個工作日內(nèi)依照相關(guān)規(guī)定提出申請，并依規(guī)定提供擔(dān)保的，海關(guān)應(yīng)當(dāng)扣留侵權(quán)嫌疑貨物，書面通知知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人，并將海關(guān)扣留憑單送達(dá)收貨人或者發(fā)貨人。知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人逾期未提出申請或者未提供擔(dān)保的，海關(guān)不得扣留貨物。海關(guān)發(fā)現(xiàn)進(jìn)出口貨物有侵犯備案知識產(chǎn)權(quán)嫌疑并通知知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人后，知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人請求海關(guān)扣留侵權(quán)嫌疑貨物的，海關(guān)應(yīng)當(dāng)自扣留之日起30個工作日內(nèi)對被扣留的侵權(quán)嫌疑貨物是否侵犯知識產(chǎn)權(quán)進(jìn)行調(diào)查、認(rèn)定；不能認(rèn)定的，應(yīng)當(dāng)立即書面通知知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人。此類由海關(guān)啟動的保護措施，對于扣留侵權(quán)嫌疑貨物，自扣留之日起50個工作日內(nèi)未收到人民法院協(xié)助執(zhí)行通知，并且經(jīng)調(diào)查不能認(rèn)定被扣留的侵權(quán)嫌疑貨物侵犯知識產(chǎn)權(quán)的，應(yīng)當(dāng)放行被扣留的貨物。

（4）收貨人或者發(fā)貨人認(rèn)為其貨物未侵犯知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人的知識產(chǎn)權(quán)的，應(yīng)當(dāng)向海關(guān)提出書面說明并附送相關(guān)證據(jù)。海關(guān)認(rèn)為收貨人或者發(fā)貨人有充分的證據(jù)證明其貨物未侵犯知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人的知識產(chǎn)權(quán)的，應(yīng)當(dāng)放行被扣留的貨物。知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人請求海關(guān)扣留侵權(quán)嫌疑貨物后，海關(guān)不能認(rèn)定被扣留的侵權(quán)嫌疑貨物侵犯知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人的知識產(chǎn)權(quán)，或者人民法院判定不侵犯知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人的知識產(chǎn)權(quán)的，知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人應(yīng)當(dāng)依法承擔(dān)賠償責(zé)任。

（5）被扣留的侵權(quán)嫌疑貨物，經(jīng)海關(guān)調(diào)查后認(rèn)定侵犯知識產(chǎn)權(quán)的，由海關(guān)予以沒收。海關(guān)沒收侵犯知識產(chǎn)權(quán)貨物后，應(yīng)當(dāng)將侵犯知識產(chǎn)權(quán)貨物的有關(guān)情況書面通知知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人。被沒收的侵犯知識產(chǎn)權(quán)貨物可以用于社會公益事業(yè)的，海關(guān)應(yīng)當(dāng)轉(zhuǎn)交給有關(guān)公益機構(gòu)用于社會公益事業(yè)；知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人有收購意愿的，海關(guān)可以有償轉(zhuǎn)讓給知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人。被沒收的侵犯知識產(chǎn)權(quán)貨物無法用于社會公益事業(yè)且知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人無收購意愿的，海關(guān)可以在消除侵權(quán)特征后依法拍賣；侵權(quán)特征無法消除的，海關(guān)應(yīng)當(dāng)予以銷毀。